La protección de la selva húmeda es un objetivo estratégico de la conservación de la biodiversidad mexicana. La Reserva de la Biosfera Los Tuxtlas es una excelente posibilidad para desarrollar alternativas de conservación y restauración ecológica en esta​

región, que aún mantiene una gran diversidad biológica a pesar de la avanzada deforestación y fragmentación del paisaje.

La singularidad e importancia biológica de la sierra de Los Tuxtlas han sido reconocidas desde hace mucho tiempo. En 1937 el gobierno mexicano decretó a la cuenchidrográfica del

Lago de Catemaco como Zona Protectora Forestal Vedada, con una extensión de 26 mil hectáreas. Fue un decreto mal redactado que limitó la zona protegida de manera ambigua. En 1979 se decretó al volcán San Martín Tuxtla, como Zona Protectora Forestal y de Refugio Faunístico, a partir de la cota altitudinal de 1,000 msnm hasta la cima, abarcando una superficie de 5,630 ha.
En 1980 se decretó a la sierra de Santa Marta y al volcán San Martín Pajapan, como Zona de Protección Forestal y Refugio de la Fauna Silvestre, misma que fue reclasificada en 1988 como
Reserva Especial de la Biosfera (Guevara et al., 1992), con una extensión de 82,800 ha (una porción de la cual se sobrepone con el decreto de la cuenca de Catemaco).